Il suicidio di una liceale, Chisa Yomoda, sembra lasciare indifferenti i più, fino a quando alcune sue compagne iniziano a ricevere messaggi in cui la ragazza appena scomparsa afferma che il corpo ormai era solo un fardello che lei è ancora viva nel “Wired”, una rete informatica simile a Internet. Destinataria di uno di questi messaggi è Lain Iwakura, una quattordicenne tranquilla e introversa. Il messaggio ricevuto la spingerà a interessarsi al Wired, a esplorarlo tramite un nuovo dispositivo Navi, a interagire con altri navigatori, fino a indagare quali rapporti esistano fra il mondo virtuale e quello reale, a scoprire lati insospettati della propria personalità e a comprendere quale sia il suo ruolo nella serie di strani eventi seguita ai messaggi di Chisa.