Seconda stagione di "Free!". Veniamo cronologicamente ricollocati un anno dopo l'inizio della prima serie, l'anno scolastico sta finendo, così come l'inverno. L'inverno cede il passo alla primavera e la nuova stagione porta l'addio di Seijuurou Mikoshiba alla squadra del Samezuka, poiché in procinto di diplomarsi, d'ora in poi il capitanano dello squadrone sarà Rin. Fa capolino un nuovo personaggio che si unisce al Samezuka, ma Sosuke Yamazaki tanto nuovo non è, proviene dritto dal passato dei nostri protagonisti, porterà sconquasso? Il club Iwatobi invece non se la passa benissimo, soffre il fatto di non avere una piscina coperta, inoltre le strategie di promozione di Gou, tutte incentrate sul culto dei muscoli, finiscono per far scappare a gambe levate tutti gli studenti, non ci sarà nessun nuovo membro? Forse Gorou Sasabe ha un rimedio almeno al primo problema e sta per offrire un tetto sopra la testa dei pesciolini: Haru, Makoto, Nagisa e Rei... Ora Haru e Makoto sono studenti del terzo anno, devono cominciare a pensare al proprio futuro... Invece Rin sa già cosa vuole...