La storia di Kanokon parla di Kouta Oyamada, un giovane studente delle superiori del primo anno che si trasferisce dalla campagna in città . Nei primi giorni di scuola, una bella ragazza del secondo anno di nome Chizuru Minamoto gli chiede di venire da solo nell'aula di musica. Una volta arrivato, la ragazza rivela a Kouta il fatto che lei è uno spirito-volpe e da quel momento i due resteranno insieme. Durante la storia, Kouta conoscerà anche Nozomu, una ragazza del primo anno della sua stessa scuola che si innamora di lui, ed essendo anche uno spirito-lupo, diventerà la rivale di Chizuru per la conquista di Kouta.