Il mondo è caduto in rovina migliaia di anni addietro, ma un misterioso uomo di nome "Y" lo ha "ricostruito" grazie a un complesso meccanismo di ingranaggi. Al tempo in cui si svolge la storia, Naoto Miura è un allegro liceale con la passione per gli ingranaggi ma improvvisamente gli arriva in casa una scatola da cui esce una bella androide di nome RyuZU. Che ripercussioni avrà l'incontro di questi due sulle loro esistenze e sull'intera società ?