Il terzo e ultimo dei tre lungometraggi dedicati a Madoka Magica. Madoka, Sayaka, Kyoko, Mami e Homura sono delle maghe che lottano quotidianamente, fianco a fianco, contro degli esseri malvagi chiamati "Nightmare" che infestano la città di Mitakihara. Tuttavia nella mente di Homura riaffiorano ricordi che le fanno dubitare dell'esistenza stessa del mondo che le circonda: che tutto questo sia opera di una strega?