Seguito di Hyakka Ryouran: Samurai Girls. La storia è ambientata all’inizio del XXI secolo, in un Giappone alternativo in cui lo shogunato Tokugawa non ha mai perso il potere, continuando la sua politica di isolamento forzato dal resto del mondo. Il 25° shogun governa da oltre 20 anni, mentre in un’enorme accademia sita ai piedi del Monte Fuji studiano i figli delle più importanti famiglie militari e il Consiglio Studentesco impone la disciplina, soffocando tutti gli elementi sovversivi. Due giovani ragazze, Yukimura Sanada e Matabei Goto, però decidono di ribellarsi al Consiglio, tra i cui membri militano Sen Tokugawa (“Sen-hime”) e Hanzo Hattori. In questa lotta saranno coinvolti loro malgrado anche il sedicenne Muneakira Yagyu e Jubei Yagyu.