Ayato Kamina, un ragazzo di 17 anni, vive la vita all’interno di Tokyo Jupiter, senza sapere del mondo esterno questo perchè a scuola gli è stato insegnato che il mondo, ad eccezione di Tokyo, è stato annientato. Questa situazione cambia quando alcuni sconosciuti entrano in casa sua per prelevarlo perchè un nemico sferra un attacco alla capitale. Nella Tokyo semidistrutta, Ayato conosce Reika Mishima, una ragazza misteriosa con la quale si dirige casualmente in un tempio sotterraneo. Lì scoprono l’esitenza del mistico RahXephon, una divinità arcana che sembra essere in sincronia con Ayato.