Ruka, liceale ribelle, viene esclusa dall'attività del club per l'intera durata delle vacanze scolastiche; fortemente annoiata, la ragazza decide di partire per trascorrere una giornata a Tokyo. Al calare della notte, farà uno strano incontro con Umi e Sora, due ragazzi stranieri che si tuffano nelle scure acque della baia di Tokyo, sembra cresciuti fra strani e straordinari segreti. Affascinati dal loro modo di nuotare, che li fa sembrare uccelli in volo, Ruka e gli adulti che li conoscono si trovano, loro malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di loro. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un'anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.