Dopo qualche anno, Nuova Vestronia viene invasa dai Vestali. Molti Bakugan diventano prigionieri dei malvagi Vexos, i migliori combattenti del pianeta Vestal, comandati dal principe Hydron. Per liberare Nuova Vestronia e salvare i Bakugan, Dan, Shun e Marucho si uniscono alla Resistenza dei Combattenti Bakugan, un gruppo di Vestali ribellatisi al loro Principe. I ragazzi dovranno combattere contro i Vexos e distruggere i tre Regolatori Dimensionali di Alpha Ville, Beta Ville e Gamma Ville, che imprigionano i Bakugan nella loro forma sfera. Distrutto il quarto Regolatore, nascosto nel palazzo di Hydron, i nemici sono costretti a fuggire e a tornare sul loro pianeta.