Mentre Natsume trascorre i suoi giorni restituendo agli yokai i nomi scritti sul Libro degli amici, reincontra Yuki, un vecchio compagno di classe che gli riporta alla mente un doloroso ricordo legato a una di queste creature. Frattanto, grazie a una di esse, il nostro protagonista viene a conoscenza di Yorie Tsumura, una donna che sa molto di sua nonna Reiko e che adesso vive serenamente insieme al suo unico figlio, Mukuo. Purtroppo però pare che uno yokai minacci la pace della famiglia. Nella seconda parte del film, Nyanko sensei fa cadere nel giardino dei Fujiwara un seme che dopo una sola notte dà vita a un albero da frutto. Quando il sensei mangia uno di questi frutti, che ricordano la sua forma, si divide improvvisamente in tre piccoli Nyanko!