Joe Shimamura e i suoi compagni possono sembrare dei normali esseri umani, ma sono tutt'altro. Joe è in realtà Cyborg 009, uno dei membri di una squadra di cyborg che lottano per il bene superiore. Ogni cyborg è dotato di un potere speciale, c'è chi riesce a sciogliere qualsiasi materiale, chi respira sott'acqua, oppure a volare. Lui e gli altri otto cyborg sono stati modificati contro la loro volontà dall'organizzazione Neo-Black Ghosts al fine di promuovere i propri interessi. Ma i nove, ancora in grado di pensare in modo razionale, si rifiutano di diventare delle macchine assassine dell'organizzazione, e dopo esser fuggiti, decidono di combattere tutti insieme contro i loro ex rapitori e tutte le forze del male.