Alla fine del millennio, viene messa in scena una battaglia che dovrà determinare le sorti dell'umanità: i "Draghi del Cielo", difensori del pianeta, dovranno scontarsi con i "Draghi della Terra", i sette angeli della profezia che intendono devastare il mondo con l'intenzione di purificarlo. Il protagonista della storia è Shirou Kamui, un ragazzo che è restio all'idea di combattere, ma quando le vite dei suoi cari verranno messe in pericolo deciderà di schierarsi con i "Draghi del Cielo".