La Federazione Terrestre ha perso la guerra contro gli Illumidiani. Un valoroso guerriero torna stanco ma indomito sul suo pianeta occupato: il suo nome è Harlock. Le città sono in rovina e i governanti corrotti non hanno esitato a vendersi all'invasore. Ma c'è ancora qualcuno che combatte per la libertà: Maya, la "voce" della resistenza; Zoll, il mercenario di Takarga deciso a vendicare il suo popolo; Emeraldas, una piratessa spaziale. E infine Tochiro, legato ad Harlock da un'amicizia che si trasmette da generazioni, il geniale costruttore di una possente astronave che porta il nome di un'utopia: Arcadia. Tutti stanno per iniziare una battaglia in nome della libertà