Sono passati tre anni da quando la Corazzata Yamato è tornata da Iscandar. Siamo nel 2202 e i terrestri hanno ricostruito il pianeta con il Cosmo Reverse System, firmando una tregua con i Garmillassiani. Oltre alla ricostruzione civile, la Terra ha sviluppato una nuova flotta di difesa che include la nave spaziale Andromeda. La regina Starsha vede vanificati gli sforzi per impedire l'espansione militare terrestre e Yamato, fautore chiave dei trattati di pace, ora deve fare i conti con una nuova minaccia proveniente dallo spazio.