La Terra è sotto attacco da parte di un gruppo di terroristi interstellari chiamati "Grande Fuoco". Il gruppo è comandato dall'imperatore alieno Guillotine che invia i propri ordini da una colorata astronave nascosta sul fondo di un oceano. I protagonisti, Daisaku Kusama e Jūrō Minami, naufragano su un'isola dopo essere sopravvissuti ad un attacco nemico. Qui vengono catturati dalla Gang e condotti in una base segreta dove però riescono a fuggire. Durante la fuga si ritrovano per caso in un grande complesso dove sta venendo costruito un robot gigante (Giant Robo). Una serie di eventi, e l'aiuto di uno degli scienziati prigionieri della Gang, fa sì che il robot gigante venga attivato e programmato a obbedire a Daisaku, che viene anche reclutato da Jūrō nell'organizzazione segreta Unicorn, la cui missione è difendere la Terra dagli invasori.