Ambientato probabilmente dopo la fine della serie TV, inizia con Kenshin che vede che una giovane ragazza viene molestata da un gruppo di stranieri. Nell’intervenire viene preceduto da Takimi Shigure, che li sistema a dovere. Scopre poi che la ragazza è la sorella di un ragazzo che ha ucciso nel periodo in cui era un feroce assassino, e che la persona che l’ha soccorsa aveva assistito alla conclusione del duello senza poter intervenire. Da allora, tormentato dai rimorsi, sta progettando il modo di rimediare al suo errore e vendicare la morte dell’amico…