Il giovane Muteki si trasferisce a Neo San Francisco, apparantemente solare e ridente ma in realtà in preda a strani fenomeni, legati alla multinazionale Octinq che sta cercando pian piano di controllare e portare alla rovina la città e i suoi abitanti. L'incontro col misterioso figuro chiamato DJ darà a Muteki la possibilità di trasformarsi in Muteking, l'eroe che salverà Neo San Francisco a suon di rollerblades, canzoni e passi di danza.