Lupin, con l'aiuto di Jigen, è intenzionato a rapinare un casinò di San Francisco. Tra i preziosi tesori si trova anche una mappa dei fondali della città, necessaria ai due per venire a capo di un'organizzazione mafiosa chiamata "I Sette Occulti". Alla ricerca si uniscono anche la bella ed avida Fujiko Mine, e Goemon, che, innamorato di una famosa modella, desidera arricchirsi per raggiungere la sua posizione economica. In seguito ad uno scontro, Lupin, Jigen e Goemon si ritrovano innanzi ad una città sotterranea del celebre Alcatraz, chiuso per ordine del presidente Kennedy. Cosa c'è dietro tutta questa storia toccherà scoprirlo ai nostri protagonisti, che dovranno cimentarsi in vicende cupe e misteriose.