Dopo la presunta distruzione definitiva del Leader X alla fine di "Gatchaman II", un suo frammento sopravvissuto si rigenera mutando in un'entità chiamata Z. Alleatosi con il Conte Egobossler, capo della famiglia Egobossler (affiancato dai suoi sottoposti Mechandol e Kempler), Z intende portare a compimento la distruzione della Terra e annientare una volta per tutte la Squadra Ninja Scientifica. Nel frattempo, a seguito della morte di Anderson, il Dr. Nambu assume la guida dell'ISO. La squadra, ora di base a Gallatown (soprannominata "G-Town"), una struttura sottomarina, viene affiancata dall'ingegnere Kamo. Quando il nuovo GodPhoenix viene distrutto nelle prime fasi dello scontro, il team riceve il Gatchaspartan, un mecha avanzato dotato di una modalità speciale – l'Hypershoot – accessibile solo a Ken grazie alla sua nuova spada, il Gatchafencer. Con il procedere della serie, però, si scopre che l'Hypershoot emette radiazioni letali: l'uso prolungato sta lentamente uccidendo Ken, e continuare significherebbe condannarlo a morte. Nel frattempo, Z mette in atto il suo piano definitivo: colpire la Terra con un asteroide di antimateria, ribattezzato "Poison Apple".