Storia ambientata dopo gli eventi del videogioco "Super Robot Wars: Original Generation 2". Il VTX-001 Bartoll, un nuovo robot costruito in serie dalla Wong Heavy Industries per la Federazione Terrestre, sta per essere svelato al pubblico. Ma il giorno della presentazione un'armata sconosciuta di Bartoll attacca il luogo dove si sarebbe dovuto svolgere l'evento, mentre nel frattempo arrivano notizie di assalti identici a numerose basi della Federazione. L'avanzata dei Bartoll pare inarrestabile, e lungo il loro cammino milioni di persone sembrano improvvisamente svanire nel nulla. I membri dell'ATX Team e dell'SRX Team, eroi delle guerre passate, vengono inviati sul luogo degli attacchi, con l'obbiettivo di fermare i Bartoll prima che la situazione diventi ancora più letale.