Koichi è un ragazzo apparentemente comune che ultimamente è afflitto da sogni agitati. A causa di una voce misteriosa scopre nel deserto della Mesopotamia i resti della torre di Babele e scopre di essere stato a lungo atteso da Babil I, un alieno dall'avanzata tecnologia naufragato sulla Terra millenni prima. Dopo l'incontro Koichi diventa Babil Junior, un essere dotato di molti poteri psichici utili per proteggere la terra dai mortali nemici che vogliono conquistarla, tra cui Yomi, un altro potente ESPER a capo di una setta che vuole assoggettare l'umanità. Ad aiutare Babil Jr nella sua missione ci sono tre potenti servitori: la loquace pantera mutaforme Roden, il possente robot impermeabile Poseidon, e lo pterodattilo metallico Ropuros, oltre a poter usufruire del supporto del calcolatore elettronico nella torre di Babele.