A Yokohama riappare Fusion e le Leggendarie Guerriere ancora una volta si riuniscono per sconfiggerlo, ma il nemico si divide in tante piccole parti sparse per la città. Intanto, in seguito ai film DX, i combattimenti delle Pretty Cure hanno impressionato i cittadini di Mirai, inclusa Ayumi Sakagami, una ragazza introversa appena trasferitasi alla scuola locale. Sulla via del ritorno da scuola, Ayumi incontra una piccola creatura, che a sua insaputa è in realtà un frammento di Fusion, e decide di chiamarlo “Fu-chan” e diventare sua amica..