Anno 2054: l'umanità è ormai in guerra da cinquant'anni con una misteriosa specie aliena chiamata Image. La storia ruota attorno al giovane Renton Thurston, che entra a far parte del Gekko-Go, aeronave della trecentotreesima Unità indipendente dell'Esercito di Liberazione dell'Umanità. Nella sua prima missione, Renton deve recuperare un soggetto ritenuto molto importante dall'esercito, ma con suo grande stupore scopre che tale soggetto è Eureka, una ragazza che è stata sua amica d'infanzia...