Tratto dal manga 4-koma (manga a quattro vignette per pagina) di Kaduho, Kill Me Baby segue la storia di Sonya, un sicario che frequenta le superiori tra una missione e l?altra, e le vicende della sua impavida ma non troppo brillante amica Yasuna. Al duo si unirà Agiri, un ninja che fa capo all?organizzazione di Sonya.