All'Accademia Ninjutsu, Doi è il maestro dei suoi giovani ninja, i "Nintama". Un giorno esce per scontrarsi con un ninja del clan rivale, ma sparisce nel nulla. I Nintama temono per la vita di Doi. Intanto l'Accademia apprende che i loro rivali del Castello Dokutake stanno tramando qualcosa.