10.000 anni fa, agendo come giudice, giuria e boia, Dangaizer sigillò il destino dell'umanità riducendola in cenere. Lentamente, l'umanità ricostruì la propria civiltà e ora si trova nuovamente al suo apice. Nascosta tra i sopravvissuti dell'umanità, la malvagia organizzazione Goma attende in agguato il ritorno di Dangaizer. Questa volta, è una corsa contro il tempo per fermare il risveglio dei 3 piloti che possono controllare Dangaizer e sottomettere il mondo al loro dominio. La terza pilota scoprirà il suo vero destino e si risveglierà in tempo, o il mondo troverà un nuovo destino nelle mani di Goma?