Sono passati alcuni anni dagli eventi della prima serie OVA. Naomi Armitage ora non è più solo una devastante macchina da guerra, ma anche una madre amorevole molto più vulnerabile di un tempo. Ross ed Armitage hanno cambiato identità e vivono una vita tranquilla e normale, quando un incidente sconvolge Armitage: l’isola dove si svolgeva il Third Project viene presa d’assalto e distrutta e la colpa viene data ai robot che si sarebbero ribellati e avrebbero ucciso gli addetti alla struttura. Questo spinge Naomi a partire ed ad investigare sull’accaduto. Nel frattempo Ross è costretto a partire come ambasciatore di Marte sulla Terra per votare sulla dichiarazione dei diritti dei robot.