Proprio mentre il mondo è nel bel mezzo di una rivoluzione industriale, appare un mostro che non può essere ucciso a meno che non venga trafitto il suo cuore, che però è protetto da una corazza di ferro. Infettando gli umani attaccati, il mostro crea una nuova razza di mostri chiamata Kabane. Sull'isola dell'estremo oriente di Hinamoto, la popolazione ha costruito dei rifugi per poter sopravvivere, a cui si può accedere tramite un treno a vapore chiamato Hayajiro. Ikoma, un ragazzino che vive nella stazione di Agane e che ha aiutato a costruire il treno, crea una sua arma chiamata Tsuranukizutsu per eliminare i mostri. Un giorno, mentre attende di poter usare l'arma, incontra una ragazza di nome Mumei e poco dopo il treno va fuori di controllo, dato che il personale è stato trasformato nelle creature: l'occasione di Ikoma per usare la sua arma è così arrivata nel più imprevedibile dei modi.