Nella storia di Black Bullet, la Terra di in un prossimo futuro è stata attaccata da una razza di parassiti chiamati Gastrea (...) che ha decimato l'umanità ora confinata in piccole aree. Nel Giappone, diviso a sua volta in poche città stato, si muove il giovane Rantarou che combatte gli alieni aiutato dalla una ragazzina di dieci anni di nome Enju, quest'ultima in possesso di poteri soprannaturali. Ai due un giorno viene assegnata una missione speciale: impedire la distruzione di Tokyo.