La serie è ambientata nell'immaginaria città giapponese di Sugomori (洲籠市 Sugomori-shi?), che da anni registra un calo di popolazione. Il liceale Katsuhira Agata viene invitato dalla misteriosa compagna di classe Noriko Sonozaki nel "Kizna System", un sistema incompleto per la realizzazione della pace mondiale che permette alle persone connesse, dette "Kiznaiver", di condividere le proprie ferite e il proprio dolore.