Kokoro Connect si sviluppa intorno al vita quotidiana e non così normale di Taichi, Iori, Himeko, Yoshifumi e Yui e i loro incontri nel Circolo Culturale Studentesco. Tuttavia dopo l’incontro Fuuzen Kazura le loro vite cambieranno e i loro segreti verranno rivelati attraverso lo scambio del corpo, il rilascio dei desideri e del tempo.