Sono passati dieci anni dagli eventi del Football Frontier International, che hanno visto l'Inazuma Japan campione del mondo; in quest'epoca il calcio ha raggiunto un livello mondiale, e il Fifth Sector controlla e dirige tutte le squadre del Giappone, decidendo in anticipo i risultati delle partite ed inviando giocatori detti SEED. La storia parla di Tenma Matsukaze, nuovo arrivato alla Raimon Jr. High e del capitano della Raimon Takuto Shindō. L'allenatore della Raimon sarà Mark Evans (all'età di 23-24 anni). Nella serie appariranno anche Seymour Hillman, Percy Travis, Silvia Woods, Celia Hills, Axel Blaze, Jude Sharp, Shawn Froste, Archer Hawkins, Nelly Raimon, Scott Banyan, William Glass, Byron Love, Kevin Dragonfly, il professor Wintersea ed il signor Veteran.