Spike Spiegel, un ex-affiliato del Red Dragon, e il suo socio Jet Black, ex-investigatore dell'ISSP, sono due cacciatori di taglie che si spostano di pianeta in pianeta alla ricerca di criminali a bordo della loro astronave: il Bebop. Nel corso delle loro avventure, senza che lo vogliano, ai due si aggiungono tre nuovi compagni: il Welsh Corgi Pembroke iper-intelligente Ein, la provocante truffatrice perseguitata dai creditori Faye Valentine e l'eccentrica e geniale hacker preadolescente Radical Edward. Nel corso delle loro azioni, di solito fallimentari, inconcludenti o di scarso profitto, tutti i membri dell'improbabile equipaggio dovranno fare i conti con questioni ancora irrisolte del loro turbolento passato, segnato da ricordi traumatici, memorie perdute, abbandoni mai chiariti e amori travagliati. Il tutto trattato con una forte nota filosofica, matura, psicologica ed esistenzialista che riflette sia gli attimi migliori che quelli peggiori della vita di cinque individui sperduti.