Il Sacro Impero di Britannia ha conquistato il Giappone, denominandolo Area 11. Durante uno scontro tra ribelli giapponesi e soldati imperiali, il giovane Lelouch Lamperouge salva la vita ad una ragazza dai capelli verdi. Questa in realtà è una strega di nome C.C. che gli dona il potere del Geass: assoggetare chiuque lo guardi negli occhi al suo potere. Lo spirito da leader di Lelouch, che in realtà è un principe erede al trono di Britannia, si risveglia e decide di salvare il Giappone dall'oppressione. Ma il suo amato amico d'infanzia, Suzaku Kururugi, farà di tutto per fermarlo.