Gosick si svolge nel 1924 in un piccolo paese europeo immaginario di lingua francese nei pressi delle Alpi: Saubure. La storia si focalizza su Kazuya Kujo, terzo figlio di un ufficiale di alto grado dell'Esercito Imperiale Giapponese, che è uno studente appena trasferitosi all'Accademia St. Marguerite, dove leggende urbane e storie d'orrore vanno di gran moda. Qui incontra Victorique, una misteriosa quanto bella e brillante ragazza che non va mai in classe e passa i giorni leggendo l'intero contenuto della biblioteca o risolvendo i misteri a cui nemmeno i detective trovano soluzione. La serie si basa maggiormente su Kazuya e Victorique, che indagano su diversi casi, e sulla loro competizione per risolverli, formando diversi legami contemporaneamente con altre persone.