Shiki narrerà le sinistre vicende che coinvolgeranno gli abitanti di Sotoba dopo il trasferimento di una strana famiglia in una villa abbandonata del luogo. Sotoba è uno sperduto villaggio di montagna abitato da 1300 persone che verrà sconvolto da una serie di misteriosi omicidi. A fare luce su tali misteri ci sarà Toshio Ozaki, responsabile dell'unico ospedale nei paraggi, che inizialmente sospettava si trattasse di un'epidemia ma constatando i cadaveri scoprirà che le vittime erano state assalite da strani esseri simili a vampiri. Il giovane Natsuno Yuuki, che già odiava vivere nel villaggio, inizierà ad essere inseguito e circondato dalla morte. Il poliedrico artista Gackt interpreta il ruolo di Seishiro Kirishiki.