Natsume, proprio come sua nonna Reiko, ha il dono di poter vedere gli spiriti. La donna era solita proporre agli yokai le sfide più svariate, e in caso di sconfitta, prendeva possesso del loro nome scrivendolo su quello che chiamava "Libro degli amici". Ora che Natsume l'ha ereditato, inizia per lui una nuova avventura, tra spiriti che si vogliono vendicare e altri che gli chiedono aiuto.