La storia si svolge in un mondo futuro in cui l'umanità è stata scacciata dalla superficie terrestre per l'attacco di un esercito di insetti dotati di poteri magici, per rifugiarsi in città galleggianti nell'aria. In una di queste città galleggianti, Misutogan, vive Kanata Age un tempo decantato "Mastro spadaccino nero" e asso della squadra S128, ma ora disprezzato come traditore. A Kanata viene un giorno assegnato l'incarico di fare da istruttore al team E601: una squadra formata da tre ragazze -Misora Whitale, Lecty Eisenach e Rico Flamel- un po' strane e che detiene il non invidiabile record di 10 sconfitte consecutive in battaglia.