La storia avviene 3 mesi dopo la Holy Road dove Tenma, dopo aver allenato vari ragazzi del Giappone, torna alla scuola Raimon dove stranamente il club di calcio è scomparso. Non solo, persino i giocatori della Raimon sono strani. Poco dopo appare un ragazzo di nome Alpha che da delle spiegazioni a Tenma. Essi viaggiano nel tempo e qui Alpha modifichera' il passato facendo morire Tenma da bambino. La sua missione è quella di far scomparire il calcio perche' fa del male alla gente ma Tenma con l'aiuto di Fey e l'amore per il calcio lotta giocando una partita di calcio la quale perdono con l'entrata in scena dell'Avatar-Armed di Alpha. Finita la partita arriva un autobus con a bordo un orso. Tenma, Fey, Endo e Yuichi viaggeranno nel tempo per sconfiggere la Protocollo Omega e riportare alla luce ancora una volta l'amato calcio.