Protagonista della storia è Nyaruko-san (Nyarlathotep), una divinità informe Cthulhu del caos in grado di assumere qualsiasi forma desideri. A dispetto del nome, Nyaruko non appare molto temibile, infatti, tra le molte forme a sua disposizione, la divinità preferisce apparire con le sembianze di una normale e graziosa ragazza dai capelli d'argento. Proprio in questa veste Nyaruko incontrerà Mahiro Yasaka, uno studente perseguitato dagli alieni, aiutandolo nella sua disperata fuga.