Il fortissimo e grottesco nemico Siren appare improvvisamente dal mare e per combatterlo viene formato Azure Lane, un insieme di eserciti diversi. In un primo momento riescono a fermare Siren grazie alle navi da guerra ma ciò non basterà. Le protagoniste della storia sono ragazze combattenti ma la trama si concentrerà anche su aspetti più personali e di vita quotidiana.