Rito Yūki ormai sedicenne viene preso di mira dalla sorella minore di Lala, Momo Belia Deviluke che aspira a creare attorno al timido ragazzo un harem, ovvero circondarlo di ragazze disposte ad amarlo e a renderlo felice. Ha così inizio, contro la stessa volontà di Rito, "L'operazione Harem". Contemporaneamente però, all'insaputa di Rito e delle altre ragazze, ha però inizio anche un'altra operazione: un misterioso individuo sta per intraprendere "L'operazione Darkness", che ha come scopo di riportare Oscurità d'Oro, ormai integrata tra i terrestri e circondata dall'affetto degli amici, al suo carattere originale di assassina dell'oscurità. Per conseguire il suo scopo, un misterioso "Capo" si servirà di Mea Kurosaki un apparente innocua ragazza, che si rivelerà in seguito la sorella minore della stessa Oscurità d'Oro e anch'essa arma biologica con poteri al pari della stessa Oscurità d'Oro. Ha così inizio per Rito e per le ragazze attorno a lui una serie di alterne vicende, durante le quali molti personaggi avranno occasione di approfondire i propri sentimenti e i rapporti con gli altri