Yu Gi Oh GX segue la storia di Jaden Yuki, un giovane e dotato duellante a cui viene data la carta "Kuriboh Alato" da Yugi prima della sua ammissione alla Duel Academy, una scuola elitaria fondata da Seto Kaiba. Jaden riceve un punteggio molto basso al test di ammissione scritto, ma, dato che nel test pratico riesce addirittura a sconfiggere un professore dell'accademia, viene ammesso comunque, però assegnato al dormitorio Slifer Rosso, riservato agli studenti con i voti più bassi. La storia prosegue prima con le sfide tra Jaden e diversi studenti della Duel Academy e quindi con il suo coinvolgimento con i segreti nascosti dell'accademia.