Azumanga Daioh racconta le vicissitudini di un gruppo di compagne di classe durante i 3 anni che le vedranno intente a conseguire il diploma superiore. Nel susseguirsi degli episodi verranno trattate diverse tematiche, una su tutte il paragonare la bellezza con le effettive doti atletiche, questione che è anche il tallone di achille di Sakaki, una delle protagoniste. Le ragazze vivranno insieme situazioni cruciali all'interno della quotidianità scolastica come, le vacanze estive, gli esami di fine corso e la cerimonia al termine dell'anno scolastico.