Una ragazza cade nel cielo e si sveglia all'interno di un bocciolo. Riprende i sensi su un letto e non si ricorda nulla del suo passato, a parte un nebuloso sogno. Le crescono due angeliche ali e le viene donata un'aureola, elementi che da quel giorno la contraddistinguono come Haibane. Dovrà quindi ambientarsi in questa nuova realtà e prendere confidenza con le compagne, con le regole e con le persone della vicina cittadina... per giungere a cercare di comprendere il motivo della sua rinascita come Haibane.