Secondo una leggenda metropolitana esiste uno shinigami, un "Angelo della morte" che può liberare le persone dalle loro sofferenze: il suo nome è Boogiepop. In seguito a una serie di sparizioni di studenti dell'accademia Shinyo, la polizia crede di avere a che fare con una coincidenza di fughe di casa: la studentessa Nagi Kirima sospetta però che sia in atto qualcosa di sinistro. Che sia il Boogiepop, o qualcosa di ancora peggio?