L’anime riprende esattamente nel punto in cui si era fermata la serie precedente, vale a dire con l’inizio del secondo semestre. Ritroviamo quindi tutti i personaggi che avevano caratterizzato il primo School Rumble che, per quanto abbiano subito una discreta evoluzione, si trovano nuovamente a fare i conti con i crucci adolescenziali come amori difficili, amicizie a rischio e l’avvicinamento al mondo degli adulti. Il tema principale non cambia minimamente e al centro vi è sempre il triangolo costituito da Tenma, Karasuma e Harima. Mentre Tenma continua a non riceve praticamente nessuna attenzione da parte di Karasuma, Harima è impegnato attraverso il suo nuovo lavoro di mangaka a dichiararsi velatamente alla ragazza che, puntualmente, finisce per credere che il ragazzo in realtà sia innamorato di sua sorella, Yakumo. Alla fine, nonostante il finale in cui i personaggi principali sembrano chiarirsi una volta per tutte, nulla viene risolto e i problemi sentimentali di questi rimangono ancora aperti lasciando la possibilità di uno sviluppo ulteriore degli eventi in una terza serie.