La trama si svolge attorno all'incontro dell'eroe con la protagonista femminile, Isanami, giovane e graziosa sacerdotessa di Izumo sopravvissuta alla distruzione del suo santuario. Accortasi delle incredibili abilità di Saizou, la ragazza ne richiede la protezione per essere scortata al casato di Sanada Yukimura, a cui il gran sacerdote, suo precettore, le ha intimato di chiedere aiuto. Saizou e Isanami si ritroveranno quindi a diventare due delle guardie del corpo di Sanada, e saranno protagonisti di un'avventura pericolosa e mortale, durante la quale incontreranno nuovi compagni, come il leggendario ninja Sarutobi Sasuke, e nemici inarrestabili come il famoso samurai Hattori Hanzo.