In prossimità delle vacanze natalizie la Brigata SOS è intenta a fare i preparativi per una festa che celebri questa festività religiosa. Tutto sembra scorrere come al solito, con Haruhi intenta nelle sue strambe iniziative e il gruppo che la segue con una certa rassegnazione. Kyon, però, nota degli strani cambiamenti caratteriali nei membri del club; ma quando si tratta di quest'anime nessun cambiamento è mai privo di conseguenze: la mattina del 18 dicembre, infatti, Kyon si risveglierà in uno strano mondo in cui la Brigata SOS non esiste ed i suoi membri o sono scomparsi o non lo riconoscono.