Una città è stata distrutta, completamente cancellata e si dice che una giovane donna di nome Yuki ne sia l'unica superstite. Yuki incontra Takuya - un contrabbandiere solitario - e i due, seguendo il misterioso contenuto di una lettera lastricatale dal padre, si recano nell'area di quella città, ora chiamata Lost. Lì incapperanno in innumerevoli ostacoli e pericoli, i due giovani dovranno affrontare: il peso dei ricordi delle persone care; organizzazioni segrete; e cospirazioni, man mano che si avvinceranno alla verità, man mano che saranno più vicini a svelare i segreti di Lost.